Analog zur Zuckerproduktion ist das Produktionsziel ein hoher bereinigter Zuckerertrag.

Für die Ethanolgewinnung wird der gewonnene Rohsaft bzw. Dicksaft vergoren. Vorhaben hierzu:  Aufklärung des Rizomaniakomplexes als Beitrag zur nachhaltigen Ethanolproduktion aus Zuckerrüben

Für die Monovergärung zur Biomethanerzeugung ist die Zuckerrübe derzeit noch nicht geeignet. Dabei ist sie aufgrund ihrer Zusammensetzung, 70 % ihrer Trockensubstanz besteht aus Zucker, vollständig und schneller als andere Rohstoffe abbaubar. Dies macht sie besonders wirtschaftlich interessant. Vorhaben hierzu: Züchterische Effizienzsteigerung der Biogas-Rübe und züchterische Ertragssteigerung und Verbesserung der Ernteeigenschaften.

Der Anteil von Rüben in der Fruchtfolge sollte 25 % (bei regelmäßigem Zwischenfruchtanbau 33 %) nicht übersteigen. Körnerleguminosen haben einen hohen Vorfruchtwert, können aber durch den hohen verbleibenden N-Vorrat die Qualität von Zuckerrüben (ausbeutbarer Zucker) negativ beeinflussen. Bei Futterrüben spielt dies keine Rolle.

Der Anbau von Wirtspflanzen für Rübennematoden (Kreuzblütler) sollte vermieden werden. Früh räumende Getreidevorfrüchte ermöglichen eine intensive Stoppelbearbeitung sowie den Anbau von nematodenresistenten Zwischenfrüchten wie Ölrettich und Senf, die als Biomasse zur Biogasproduktion verwertet werden können, für die Bioethanolproduktion jedoch nicht geeignet sind. Mit dem Anbau von Ölrettich und Senf kann eine Nematodenreduktion von 50–70 % erreicht werden (Resistenznote 1).

Aufgrund der späten Erntezeit der Rüben sind nur Winterweizen oder Sommerungen als Nachfrucht sinnvoll.