Ziel der Produktion von Rüben zur Biogasgewinnung ist ein möglichst hoher Trockenmasse- und somit Methanertrag pro Hektar mit möglichst geringem Erdanhang, guter mechanischer Verarbeitbarkeit und hoher Lagerfähigkeit.

Der Anteil von Rüben in der Fruchtfolge sollte 25 % (bei regelmäßigem Zwischenfruchtanbau 33 %) nicht übersteigen. Körnerleguminosen haben einen hohen Vorfruchtwert, können aber durch den hohen verbleibenden N-Vorrat die Qualität von Zuckerrüben (ausbeutbarer Zucker) negativ beeinflussen. Bei Futterrüben spielt dies keine Rolle.

Der Anbau von Wirtspflanzen für Rübennematoden (Kreuzblütler) sollte vermieden werden. Früh räumende Getreidevorfrüchte ermöglichen eine intensive Stoppelbearbeitung sowie den Anbau von nematodenresistenten Zwischenfrüchten wie Ölrettich und Senf, die ebenfalls als Biomasse zur Biogasproduktion verwertet werden können. Mit dem Anbau von Ölrettich und Senf kann eine Nematodenreduktion von 50–70 % erreicht werden (Resistenznote 1).

Aufgrund der späten Erntezeit der Rüben sind nur Winterweizen oder Sommerungen als Nachfrucht sinnvoll.